Seit den Ereignissen des ersten Teils ist viel Zeit vergangen. Das Boss Baby und sein Bruder sind inzwischen erwachsen und haben sich auseinandergelebt. Doch als die Baby Corp. mit einer neuen Bedrohung zu kämpfen hat, muss der beste Agent, den sie je hatten, den Anzug gegen die Windeln eintauschen. Die neue Mission für das Boss Baby lautet, innerhalb von 48 Stunden die Welt zu retten!
Aber angesichts Ninja-Babys und eines fiesen Schurkens braucht es mehr als nur das ehemalige Boss Baby und seine Nachfolgerin. Alle müssen zusammenhalten, um das Geheimnis zu lüften. Denn einmal Familie, immer Familie!