Südafrika 1968: Im brutalen Apartheid-Regime der Nationalen Partei werden 15 Millionen Schwarze von einer Minderheit von vier Millionen Weißen unterdrückt. Schwarze dürfen nicht wählen, kein Land besitzen, sich nicht frei im Land bewegen, kein Geschäft führen, kein Haus besitzen und haben kein Recht auf Ausbildung. Doch leise und immer deutlicher formiert sich der Widerstand. Aus Angst, ihre Macht zu verlieren, verbietet die weiße Regierung alle schwarzen Widerstandsorganisationen. Ihre politischen Anführer werden ins Exil gezwungen oder lebenslänglich auf die Gefängnisinsel Robben Island vor der Atlantikküste Südafrikas, etwa zwölf Kilometer vor Kapstadt, verbannt.
Unter ihnen ist Nelson Mandela. Auf Robben Island trifft er auf seinen Wärter James Gregory. Dieser, verheiratet mit der ehrgeizigen Gloria, ist ein typischer weißer Afrikaner, der Schwarze für Untermenschen hält. Aufgewachsen auf einer Farm in der Transkei, dem ehemaligen Stammesgebiet
der Xhosa, hat Gregory als Kind deren Sprache gelernt. Diese Fähigkeit macht ihn zum idealen Bewacher von Mandela und seinen Mitinsassen. Denn Gregory kann die Gespräche der politischen Häftlinge verstehen und ihr Wissen ausspionieren. Doch der Plan geht nicht auf. Je länger Gregory Mandela kennt, desto mehr ändert sich seine Einstellung. Aus dem einstigen Rassisten wird ein Befürworter des Kampfes für ein freies Südafrika.

GOODBYE BAFANA erzählt die Geschichte dieser ungewöhnlichen Beziehung, die erst 1990 mit der Freilassung von Nelson Mandela endet. Durch den Filter dieser Beziehung, die allen Widrigkeiten zum Trotz beinahe zur Freundschaft wird, werden wir nicht nur Zeugen von James Gregorys wachsendem Bewusstsein für die Unmenschlichkeit des Rassentrennungssystems, sondern erleben auch die
Entwicklung Südafrikas von der Apartheid zur Demokratie.
GOODBYE BAFANA erzählt, wie Nelson Mandela zu einer der inspirierendsten Persönlichkeiten der modernen Welt wurde. Und wirft die Fragen auf: Wer ist der Gefangene? Und wer befreit hier wen?