Antworten auf einige der tiefgründigsten Fragen des Lebens zu finden - nichts Geringeres als das ist das Ziel der Reise, auf die sich die Wissenschaftler und Forscher an Bord der Prometheus begeben. Die Expedition wird von zwei brillanten jungen Wissenschaftlern, von Shaw (Noomi Rapace) und Holloway (Logan Marshall-Green) geleitet, die von unterschiedlichen Motiven angetrieben werden. Shaw ist eine Gläubige, sie will diese „Götter" treffen und damit ihren eher traditionellen religiösen Überzeugungen näherkommen. Holloway dagegen geht es darum, diese spirituellen Leitgedanken endgültig zu entkräften und zu widerlegen. Während ihrer Arbeit als Archäologen haben sie weltweit in Höhlenpiktogrammen von uralten Zivilisationen Hinweise auf den gleichen, weit draußen im Weltraum liegenden Ort gefunden und einen Megakonzern, Weyland Industries, davon überzeugt, ihre Expedition dorthin zu finanzieren.

Doch keiner der Wissenschaftler war auf diesen unvorstellbaren Terror vorbereitet, der sie in den Tiefen des Alls erwarten würde. „Als Shaw und Holloway diese Expedition planten, erwarteten sie, am Ziel eine den Menschen wohlgesonnene Spezies zu entdecken, die vielleicht Antworten auf einige unserer größten Rätsel liefern könnte", erklärt Michael Ellenberg, einer der Ausführenden Produzenten des Films. „Um es einmal anders zu formulieren - sie hofften, dort Götter anzutreffen. Doch die Geschöpfe, auf die sie dort stoßen, sind alles andere als mitfühlend. Sie gehören einer gefährlichen Spezies von Überwesen an."