Diesmal ist es nicht nur die Welt, die auf dem Spiel steht - es geht vor allem um die Familienehre der Cortez'! Schlimm genug, dass eine undurchsichtige Bande von Magna-Men, die sich mittels Magnetkraft fortbewegen, dem amerikanischen Präsidenten eine Geheimwaffe geklaut hat, mit der die Elektrizität der ganzen Erde außer Kraft gesetzt werden kann. Doch dann ist Gregorio Cortez auch noch als Chef der Superspion-Organisation OSS von dem zwielichtigen Donnagon verdrängt worden, der seine eigenen Kinder Gary und Gerti an die Spitze der Spy Kids gesetzt hat. Die beiden sollen nun die Spur der Magna-Men auf eine geheimnisvolle Insel verfolgen - was Juni und Carmen Cortez natürlich nicht hinnehmen können! Ein Wettlauf um den größten Fall der Spy Kids beginnt ...