Als Captain Kirk und die Besatzung der Enterprise auf die Erde zurückgerufen werden, finden sie ihre Heimat und die Sternenflotte in Trümmern wieder – zerstört von einer feindlichen Macht aus ihren eigenen Reihen.
Für Kirk beginnt nicht nur die Jagd nach einem dunklen, verräterischen Gegenspieler, sondern auch ein persönlicher Rachefeldzug in einer Welt, die sich im Ausnahmezustand befindet. Dabei werden er und seine Mannschaft zu Schachfiguren in einem perfiden Spiel um Leben und Tod. Der Kampf gegen einen übermächtigen und brutalen Gegner wird über das Schicksal der ganzen Welt entscheiden. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden auseinandergerissen und Opfer müssen erbracht werden für die einzige Familie, die Kirk noch bleibt: sein Team.