Im Jahr 1994 geraten Noah, der in Brooklyn lebt, und die ambitionierte Archäologin Elena in New York City in ein Abenteuer, das sie auf eine Reise rund um die Welt führt. Zusammen mit Optimus Prime und den Autobots werden sie in einen uralten Konflikt verwickelt, der nicht nur die Autobots und Decepticons betrifft, sondern auch drei neue Transformer-Fraktionen: Predicons, Maximals und Terrorcons. Dadurch müssen sich die Autobots nicht nur neuen Feinden stellen, sondern auch neue Verbündete finden.