Agent 47 (Rupert Friend) ist ein Elite-Killer, der gentechnisch zur perfekten Tötungsmaschine verändert wurde. Er kann nur durch die letzten beiden Nummern eines Barcodes, der auf seinen Nacken tätowiert ist, erkannt werden und ist das Ergebnis jahrzehntelanger Forschung an sechsundvierzig vorhergehenden Agentenklonen - ausgestattet mit beispielloser Stärke, Schnelligkeit, Ausdauer und Intelligenz. 
Sein aktuelles Zielobjekt ist ein Mega-Konzern, der versucht die Forschungsdetails um die Agent 47 herauszufinden. Die mächtige Firma plant eine  Armee aus Killern zu erschaffen, die sogar die Fähigkeiten von Agent 47 noch übertreffen.  Um das zu verhindern und um die skrupellosen Feinde aufzuhalten, verbündet sich Agent 47 mit einer jungen Frau (Hannah Ware), die all diese Geheimnisse zu kennen scheint. Dabei wird er mit schockierenden Enthüllungen über seine Herkunft konfrontiert und begibt sich in einen epischen Kampf mit seinem tödlichsten Feind…